ينقسم النظام التعليمي بالمركز الى أربعة أقسام:
أولاً : قسم تعليم القاعدة النورانية للمبتدئين:

يتم تعليم المبتدئين والمبتدئات من الأبناء والبنات حروفَ الهجاء العربية من خلال كتابِ القاعدة النورانية تأليف فضيلة الشيخ نور محمد حقاني رحمه الله، وقد قام بتحقيقها وطباعتها ونشرها في العالم العربي وبأسلوب حديث ومتطور وجذّاب سبطُ المؤلف المهندس/ محمد فاروق محمد الراعي عام 1419هـ، والقاعدة النورانية تُعْنَى بتعليم الحروف والمقاطع العربية، وهي بفضل الله أصبحت واحدةٌ من أنفع وأسهل القواعد المتداولةِ على مستوى العالم؛ لتعليم المبتدئين القراءةَ بجهد أقلَّ وفي وقت أسرعَ، وقد ثبت من خلال التجارِبِ العملية الناجحة أن أنجح وسيلةٍ لتعليم المبتدئين هو: الابتداء بتعليم نطق الحروف العربية المفردة نطقاً صحيحاً فصيحاً وهو بمثابة تعليم تجويد القرآن الكريم عملياً بالتلقي؛ فإذا تعلَّم الطالب كيفية النطق الصحيح الفصيح لكل حرف على حدة فإن ذلك سيساعده كثيراً على أخذ القرآن أخذاً حسناً تلاوة وحفظاً، وبفضل الله عزَّ وجلَّ وتوفيقه حققت القاعدة النورانية نجاحات باهرة شهد بذلك كلُّ من طبقها بطريقة صحيحة ومتقنة بعد اجتيازه الدورة بتقدير ممتاز وتعلُّمه طريقة تطبيقها ومن ثمَّ تعليمها للأطفال.
علماً بأن المركز يقيم الدورات للمعلمين والمعلمات في طريقة تعليم القاعدة النورانية داخل المملكة وخارجها ومدة الدورة عشرة أيام وتمنح الشهادة لكل من يجتاز الدورة بتقدير ممتاز .

ثانياً : قسم تحفيظ القرآن الكريم غيباً:

وتكون مدة الدراسة فيه خمسة أيام في الأسبوع لمدة ساعتين ونصف يومياً ويتم تقسيمُ الوقت إلى خمسة أقسام رئيسة على النحو التالي :
1- القسم الأول: مدته نصف الساعة مخصصةٌ لتسميع الدرسِ الجديدِ وفيه يستمع المعلم لقراءة الطلاب كل على حده.
2- القسم الثاني: مدته أيضاً نصف ساعة وفيه تعطى فرصة لجميع الطلاب لتحضير المراجعة اليومية وهي عشر صَفَحات على الأقل ، وتحضير آخر خمس صفحات التي حفظها الطالب من الدروس اليومية السابقة ليصبح المجموعُ خمسَ عَشْرةَ صفحة.
3- القسم الثالث: ومدته ساعة كاملة يتم فيه تسميع المراجعة اليومية ، ومقدارها كما تقدم خمس عشرةَ صفحةً يومياً لكل طالب ، ويقسَّم الطلاب إلى مجموعتين ، ويقوم كل طالب من المجموعة الأولى بالتسميع لزميله من المجموعة الثانية ، وبالعكس ، ويعطى لكل طالب منهما مدةُ نصفِ ساعة ، ويتابعهم المعلم في أثناء التسميع فيما بينهم ؛ ليتأكد من عدم ضياع الوقت في الأحاديث الجانبية .
4- القسم الرابع: ومدته نصف ساعة مخصصة لتصحيح الدرس الذي يجب على الطالب تحضيره لليوم التالي .
5- القسم الخامس: وهو قسم اختياري لإلقاء دروس تربوية وشرح بعض معاني مفردات القرآن وتحفيظ الأربعين حديثاً للإمام النووي ، وتعليمِ أذكارِ الصباح والمساء الخ …

ثالثـاً : قسم رياض الأطفال :
و هو مخصص لتعليم الأطفال من السن ( أربع سنوات إلى ما دون ست سنوات – بنين و بنات) يتم تعليمهم القاعدة النورانية قراءة و كتابة مع تلقين و حفظ بعض قصار السور ، و أذكار الصباح و المساء ، و تعليم و غرس بعض الآداب والأخلاق الإسلامية التي يحتاج إليها كل طفل مسلم لينشأ نشأة إسلامية.

رابعـاً : قسم تعليم التلاوة بالنظر:

وهو أن يتعلم الابن أو الابنة قراءة القرآن الكريم القراءة الصحيحة المجودة المرتلة بالنظر مع حفظ بعض الأجزاء وهو يمثل الشق الواجب على جميع المسلمين تعلمه.

خامساً : قسم تعليم الآباء و الأمهات:
و هو مخصص لتعليم كبار السن من الآباء و الأمهات قراءة القرآن الكريم بالنظر ، و حفظ بعض سور القرآن الكريم، والحمد لله هذا القسم في تطور مستمر، ويفرح الإنسان ويسرُّ خاطره عندما يرى أسرة كاملة مكونة من أبٍ وأمٍ وأبناء وبنات وأطفال يأتون في سيارة واحدة وفي مركزٍ واحدٍ ليتعلموا كتاب ربهم في جوٍّ أسريٍّ جميل، كلٌّ يذهب إلى المكان المخصص له داخل مباني هذا المركز، كيف لا وهم قد خرجوا جميعاً من دارهم ليقضوا هذا الوقت في طاعة الله وتعلُّم كتاب الله الكريم؛ فجزى الله خير الجزاء كل من دعم وساهم في إنشاء هذا الصرح المبارك والمتميز بإذن الله.